В настройке, а так же в дальнейшей работе сервера, основа которого составляет БД MSQL составляет сам сервер мускула.
при всем многообразий msql серверов, популярные это - denwer и vtrtrigo,

denwer. К недостаткам денвера можно отнести само его существование, медленный старый движок, с непонятными компонентами, и отсутствие каких либо настроек буфера и отсутствие стабильности... да если у вас сервер на 10 онлайн, то коненчо, денвер вам в помощ.

Vertrigo гораздо лучше денвера по всем параметрам, настраиваемые компоненты апачи, пхп, более новая версия msql более простая работа, возможность редактировать конфиги, выставлять исполняемые буферы памяти, недостаток имеется один, это невозможность расширить буфер обмена... что следствие ошибки при рабое с базами. Итог вертриго подойдет всем кто хочет деражать нормальный сервер.

=========================================================================================
итак, самый оптимальный вариант это ставить непосредственно сам сервер, со всеми исполняемыми компонентами mysql-5.1.42-win32
качаем тут, после установки жмем далее, далее в конце ставим пароль, это и будет рутовый пасс на базу.
далее настройка конфига:
В каталоге /usr/share/doc/mysql-server-x.x.xx/ лежат следующие файлы:
my-small.cnf — для систем с малым обьемом памяти (<=64Mb), в которых MySQL используется редко.
my-medium.cnf — если памяти мало (32-64Mb) или MySQL используется совместно с другими приложениями (например Apache) и памяти около 128Mb.
my-large.cnf, my-huge.cnf — для систем с большим обьемом памяти (512Mb, 1-2Gb), где MySQL играет главную роль.
my-innodb-heavy-4G.cnf — 4Gb памяти, InnoDB, MySQL играет главную роль.

Наиболее оптимальным вариантом для VPS начального уровня будет my-medium.cnf. Перенесите следующие параметры из секции [mysqld] этого файла в /etc/my.cnf:

Также можно добавить в конец /etc/my.cnf опцию ведения лог-файла ошибок:

Позже, как только появится возможность, обязательно изучите, что означают все эти параметры. Скорее всего, изменив их в соответствии с вашей задачей, удастся сэкономить немного ресурсов или получить ещё больший прирост в производительности.
InnoDB, BDB
Если вы не используете таблицы типа InnoDB и BDB, лучше отключить эти хранилища данных. Так вы сэкономите немного памяти. Это особенно важно, если вы владелец VPS.
Добавьте в секцию [mysqld] строки: