Подготовьте материал с вашим логотипом.
вы можете сделать это в Illustrator или Photoshop.

2. Анимация деформации волной

Перенесите материал из первого шага в новую композицию.
Примените эффект: Effect > Distort > Wave Warp.
Параметры можете выставить такие, какие вам больше понравятся.

3. Создание линии

Выберите New Solid в новой композиции.
Примените Layer Mask.(Box 320x10)
Примените Mask Feather.(X=200:Y=1)

Так же вы можете сделать это и в Photoshop.

4. Анимация деформации волной

Применяем "Wave Warp" как во 2-м шаге.
Создайте Waveform Warp.
Переместите материал из 3-го шага в новую композицию. Создаём линии меняя цвета и применяя эффект glow.

Создайте три линии подобным методом.

5. Маска для скрытого лого.

Выберите New Solid в новой композиции.
Примените Layer Mask.(Box 640x240)
Примените эффект: Effect > Distort > Wave Warp.
Настройте параметры value:

6. Объединение

Перенесите все созданные материалы на новую композицию.
Применяем "Track Matte" на лого.
Вобщем то всё, если вы соедените лого с волнами.