1. Создаете две папки. Например Mangos (для сервера 2.4.3) и WotLK (для сервера 3.3.х).
2. Заливаете в mangos исходники сервера, ДБЦ фаилы и карты для 2.4.3
3. Заливаете в WotLK исходники сервера, ДБЦ фаилы и карты для 3.3.х
4. В MySQL создаём 3 базы данных, допустим - Mangos (для сервера 2.4.3), WotLK (для сервера 3.3.х) и realmd.
5. В mangos заливаем базу для 2.4.3
6. В WotLK заливаете базу для 3.3.х
7. Настраиваете в папках Mangos и WotLK фаилы mangosd.conf как вам нравится.
6. Настраиваем в базе realmd таблицу realmlist, для этого надо, добавить две строки:

Code
ID Name Address Port icon color timezone
1 server 2.4.3 127.0.0.1 8085 1 1 1
2 WotLK 3.3.х 127.0.0.1 8086 1 1 1

7. Редактируем порт в realmd.conf, в WotLK. Открываем, ищем строку
RealmServerPort = 3724 (меняем на любой другой, например 37240)
8. Редактируем mangos.conf,в папке WotLK. Открываем, ищем строку WorldServerPort = 8085 (меняем на 8086)
RealmID = 1 (меняем на 2)
9. Запускаем mangos.exe и realmd.exe из обоих папок.
У вас должно получиться так.
1 сервер под 2.4.3: mangos конектиться по порту 8085, realmd конектиться по порту 3724, к 1 ID в реалмлисте. База mangos
2 сервер под 3.3.х: mangos конектиться по порту 8086, realmd конектиться по порту 37240, к 2 ID в реалмлисте. База WotLK

Подключение:
Что бы подключиться к серверу 2.4.3 менять ничего не надо.
Что бы подключиться к серверу 3.3.х надо в клиенте поменять реалмлист, а точнее дописать порт :37240 должно выглядеть так:

Code
Set realmlist 127.0.0.1:37240

Примечание:
Что бы подключение прошло нормально, рекомендую очистить папку WTF.